Cooksonia tinham dimensões reduzidas, poucos centímetros de altura, e a sua estrututa era simples. Não possuiam folhas, flores ou raízes. Possuiam um tronco único, que ramificava algumas vezes. Cada ramificação terminava num esporângio, uma estrutura arredondada, portadora de esporos. Espécimenes de uma das espécies de Cooksonia apresentam uma banda de cor preta no tronco, o que tem sido interpretado como sendo os restos de tecidos transportadores de água (traqueídeos). Outras espécies de Cooksonia podem não ter possuidos tais tecidos condutores.
As relações entre as espécies conhecidas de Cooksonia e as plantas modernas permanecem pouco claras. Parecem representar plantas que estão próximas da ramificação entre Rhyniophyta e Lycopodiopsida. É considerado provável que Cooksonia não é um clado monofilético, mas sim parafilético.
Reino: Plantae
Superdivisão: Polysporangiomorpha
Divisão: Incertae sedis
Gênero: Cooksonia
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